Fichas de asignaturas 2015-16
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ANÁLISIS BIÓMICO |
Asignaturas
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| Asignatura | 40211030 | ANÁLISIS BIÓMICO | Créditos Teóricos | 3.75 |
| Título | 40211 | GRADO EN BIOTECNOLOGÍA | Créditos Prácticos | 3.75 |
| Curso | 4 | Tipo | Obligatoria | |
| Créd. ECTS | 6.00 | |||
| Departamento | C125 | BIOQ. Y BIO. MOLEC., MICROB., M PREVEN. | ||
| Departamento | C125 | BIOQ. Y BIO. MOLEC., MICROB., M PREVEN. | ||
| Departamento | C125 | BIOQ. Y BIO. MOLEC., MICROB., M PREVEN. |
Recomendaciones
Haber superado las asignaturas de Microbiología, Bioquímica, Virología, Inmunología, Genética,
Profesorado
| Nombre | Apellido 1 | Apellido 2 | C.C.E. | Coordinador | |
| ISMAEL | CROSS | PACHECO | PROFESOR CONTRATADO DOCTOR | S |
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| MARÍA DEL CARMEN | DURÁN | RUIZ | PROFESORA AYUDANTE DOCTOR | N |
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| FRANCISCO JAVIER | FERNÁNDEZ | ACERO | PROFESOR TITULAR | N |
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| EUGENIA | MUÑOZ | BERNAL | Investigador/a Licenciado/a | N | |
| CARLOS | PENDON | MELENDEZ | Profesor Titular Universidad | N |
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| SILVIA | PORTELA | BENS | INVESTIGADOR-UCA | N |
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| LAUREANA | REBORDINOS | GONZALEZ | CATEDRATICA UNIVERSIDAD | N |
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Competencias
Se relacionan aquí las competencias de la materia/módulo o título al que pertenece la asignatura, entre las que el profesorado podrá indicar las relacionadas con la asignatura.
| Identificador | Competencia | Tipo |
| CB1 | Que los estudiantes hayan demostrado poseer y comprender conocimientos en un área de estudio que parte de la base de la educación secundaria general, y se suele encontrar a un nivel que, si bien se apoya en libros de texto avanzados, incluye también algunos aspectos que implican conocimientos procedentes de la vanguardia de su campo de estudio | GENERAL |
| CB2 | Que los estudiantes sepan aplicar sus conocimientos a su trabajo o vocación de una forma profesional y posean las competencias que suelen demostrarse por medio de la elaboración y defensa de argumentos y la resolución de problemas dentro de su área d estudio | GENERAL |
| CB3 | Que los estudiantes tengan la capacidad de reunir e interpretar datos relevantes (normalmente dentro de su área de estudio) para emitir juicios que incluyan una reflexión sobre temas relevantes de índole social, científica o ética | GENERAL |
| CB4 | Que los estudiantes puedan transmitir información, ideas, problemas y soluciones a un público tanto especializado como no especializado | GENERAL |
| CE1 | Analizar adecuadamente datos y resultados experimentales propios de los ámbitos de Biotecnología con técnicas estadísticas, y saberlos interpretar. | ESPECÍFICA |
| CE14 | Obtener e interpretar información de las principales bases de datos biológicos, ómicos, bibliográficos y emplear las herramientas bioinformáticas básicas. | ESPECÍFICA |
| CE2 | Aplicar conocimientos básicos de Matemáticas a las Biociencias | ESPECÍFICA |
| CG7 | Capacidad de utilización de las tecnologías de la información y la comunicación | GENERAL |
Resultados Aprendizaje
| Identificador | Resultado |
| R1 | Conocer y distinguir los diferentes tipos de disciplinas biómicas. |
| R2 | Entender las principales estrategias de investigación en las diferentes disciplinas biómicas |
| R3 | Utilizar las bases de datos biológicos y las principales herramientas básicas de bioinformática. |
Actividades formativas
| Actividad | Detalle | Horas | Grupo | Competencias a desarrollar |
| 01. Teoría | Charlas formativas en el aula |
30 | CB3 CB4 CE14 CG7 | |
| 04. Prácticas de laboratorio | Desarrollo de procedimientos experimentales en el laboratorio |
30 | CB3 CB4 CE14 CG7 | |
| 10. Actividades formativas no presenciales | 90 |
Evaluación
Criterios Generales de Evaluación
El alumno debe superar la prueba teórica, que consistirá en Tipo test, preguntas cortas y/o de desarrollo y/o problemas. Las Practica y actividades de valorarán mediante la entrega de memoria, trabajos y/o actividades. Las prácticas son de asistencia obligatoria.
Procedimiento de Evaluación
| Tarea/Actividades | Medios, Técnicas e Instrumentos | Evaluador/es | Competencias a evaluar |
| Evaluación de actividades | Discusión abierta de temas de interés, corrección de trabajos desarrollados por el alumno. |
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CB3 CB4 CE14 CG7 |
| Examen de Practicas | Examen escrito / entrega de actividades y cuestionarios |
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CB3 CB4 CE14 CG7 |
| Examen teorico | Examen escrito |
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CB3 CB4 CE14 CG7 |
Procedimiento de calificación
Examen Teorico: 65% Prácticas y actividades: 35% Es necesario aprobar teoría y practicas para sumar ambas notas Se valoraran Actividades académicamente dirigidas, tales como: 1 Lecturas obligadas de las que deben entregar un resumen 2 Trabajo bibliográfico de investigación La calificación de prácticas y actividades académicas se guarda hasta las convocatorias extraordinarias de junio y septiembre.
Descripcion de los Contenidos
| Contenido | Competencias relacionadas | Resultados de aprendizaje relacionados |
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Genómica:
Contenidos teóricos
Tema 1.- Introducción y orígenes de la Genómica
Tema 2.- Tipos de genómicas: Genómica estructural y Genómica funcional
Tema 3.- Tecnologías en Genómica: Fundamentos Técnicos de la Genómica, Métodos de secuenciación, Chips de DNA y
Microarrays.
Tema 4.- Herramientas informáticas y de computación en Genómica: Análisis bioinformático de las secuencias.
Ensamblaje de novo. Ensamblaje sobre genomas de referencia. Anotación. Variantes genómicas. Creación de bases de
datos.
Tema 5.- Aplicaciones de la genómica. Genómica y Teorías Evolutivas. Genómica comparada. Metagenómica. Estructura
de los Genomas. Genómica y Medicina. Genómica y Agricultura.
Contenidos prácticos
Secuenciación de ADN. Mapeo de genes. Manejo y extracción de clones BACs, anotación y mapeo de genes a partir de
clones seleccionados de una genoteca BAC. Bioinformática
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CB3 CB4 CE14 CG7 | R1 R2 R3 |
Proteómica:
Contenidos teóricos:
Tema 1: Introducción.
Tema 2: Estrategias para la extracción de proteínas en análisis proteómicos
Tema 3: Estrategias para la separación de proteínas en análisis proteómicos
Tema 4: Estrategias para la identificación de proteínas en análisis proteómicos
Tema 5: Estrategias para la cuantificación de proteínas en análisis proteómicos
Tema 6: Proteómica de las modificaciones post-traduccionales.
Tema 7: Aplicaciones y perspectivas de futuro
Contenidos Prácticos:
Practica 1: Diseño experimental. Preparación de muestras y extracción de proteínas intracellulares y del secretoma
de Bacillus subtilis.
Practica 2: Tratamiento y separación de proteinas en 1D y 2D SDS-PAGE electroforesis.
Practica 3: Análisis y digestión de spots
Practica 4: Identificación de proteínas mediante MS/MS
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CB3 CB4 CE14 CG7 | R1 R2 R3 |
Transcriptómica y Manejo de datos:
Contenidos teóricos
Tema 1.- Transcriptómica. Transcriptoma: definición y concepto. Técnicas de análisis del transcriptoma:
plataformas. Usos y aplicaciones.
Tema 2. -Otras omicas. Exómica, Interactómica, definición y concepto.
Tema 3.- Predicción conformacional y funcional de proteínas.
Tema 4.- Principios de espectrometría de masas. Tipos de espectrómetros. Espectrometría de masas en tándem
Tema 5.- Herramientas para la identificación de proteínas por espectrometría de masas. Interpretación de espectros.
Tema 6.- Análisis cuantitativo de proteínas por espectrometría de masas. Marcaje químico (ICAT, iTRAQ, TMT,
dimetilación, O16-O18 , AQua). Marcaje metabólico (SILAC, SILAC dinámico). Cuantificación sin marcaje. Otros
métodos cuantitativos. Software para el análisis cuantitativo
Tema 7.- Análisis de modificaciones post-traduccionales por espectrometría de masas
Tema 8.- Glicómica. Importancia del análisis de glicanos. Análisis de glicanos por Espectrometría de masas y
cromatografía líquida.
Tema 9.- Introducción a la metabolómica. Herramientas de análisis. Importancia en biomedicina e industria.
Tema 10.- Programas bioinformáticos para el análisis e integración de de datos biómicos. Análisis de
interacciones moleculares.
Tema 11.- Aplicación de las herramientas proteómicas y espectrometría de masas en Biomedicina e industria (biofarma
y agroalimentación).
Contenidos practicos
Practica 1: La RT-qPCR: una técnica cuantitativa de aproximación al análisis del transcriptoma
Practica 2: Identificación de proteínas y análisis bioinformatico de datos proteómicos
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CB3 CB4 CE14 CG7 | R1 R2 R3 |
Bibliografía
Bibliografía Básica
Autor Twyman, Richard M.
Titulo: Principles of proteomics / R. M. Twyman
Publicación Abingdon : Taylor & Francis, 2004
Descripc XIII, 241 p. : il., gráf. ; 26 cm
ISBN/ISSN 978-1-85996-273-2
Autor Mishra, Nawin
Titulo : Introduction to proteomics : principles and applications / Nawin Mishra ; [with a foreword by Gunter Blobel]
Publicación Hoboken : John Wiley & Sons, 2010
Descripc XX, 180 p. ; 24 cm
ISBN/ISSN 978-0-471-75402-2
Autor Lovric, Josip
Titulo: Introducing proteomics : from concepts to sample separation, mass spectrometry and data analysis / Josip Lovric
Publicación West Sussex : John Wiley & Sons, 2011
Descripc X, 283 p. : il., gráf, ; 25 cm
ISBN/ISSN 978-0-470-03524-5
-TITULO: Genomics : essential methods / edited by Mike Starkey, Ramnath Elaswarapu.
PUBLICAC: Hoboken : Wiley-Blackwell, 2011.
-TITULO: Meta-analysis and combining information in genetics and genomics / edited by Rudy Guerra, Darlene R. Goldstein.
PUBLICAC: Boca Raton, Fla. : CRC Press, c2010.
-AUTOR: Pevsner, Jonathan.
TITULO: Bioinformatics and functional genomics / Jonathan Pevsner.
PUBLICAC: New Jersey : John Wiley & Sons, 2009.
-AUTOR: Gupta, P. K.
TITULO: Biotechnology and genomics / P.K. Gupta.
PUBLICAC: Meerut, India : Rastogi Publications, 2009.
-TITULO: Principles and practices of plant genomics / editors Chittaranjan Kole, Albert G. Abbott.
PUBLICAC: Enfield : Science Publishers, 2008-
-AUTOR: Mushegian, Arcady R.
TITULO: Foundations of comparative genomics / Arcady R. Mushegian.
PUBLICAC: Amsterdam ; Boston : Academic Press, c2007.
-TITULO: New high throughput technologies for DNA sequencing and genomics / editor, Keith R. Mitchelson.
PUBLICAC: Amsterdam ; Boston : Elsevier, 2007.
-TITULO: DNA microarrays and related genomics techniques: designs, analysis, and interpretation of experiments / edited by David B. Allison ... [et al.]. PUBLICAC: Boca Raton : Chapman & Hall/CRC, 2006.
-TITULO: Plant functional genomics / Dario Leister, editor. PUBLICAC: New York : Haworth Press, 2005.
- Transcriptomics: Expression Pattern Analysis Virendra Gomase, Paperback: 436 pages, Publisher: VDM Verlag (November 11, 2009) Language: English, ISBN-10: 3639214862 ISBN-13: 978-363921486
- Handbook of Statistical Systems Biology Michael P. H. Stumpf, David J. Balding and Mark Girolami. Elizabeth Purdom1 and Sach Mukherjee Copyright © 2011 John Wiley & Sons, Ltd ISBN Information Print ISBN: 9780470710869
- Genomes, 2nd edition , Terence A Brown. Oxford: Wiley-Liss; 2002. ISBN-10: 0-471-25046-5
- Mass spectrometry: A text book. Jurgen H.Groos. Springer 2011 ISBN 10: 3642107095, ISBN 13: 9783642107092
- Mass spectrometry handbook, Mike S.Lee. Wiley series, ISBN 978-0-470-54673-5
- Glycomics: essentials of glycobiology. Varki A, Cummings RD, Esko JD, et al., editors. Cold Spring Harbor (NY): Cold Spring Harbor Laboratory Press; 2009. ISBN 978-087969770-9
Bibliografía Específica
Titulo: Proteome and protein analysis / R.M. Kamp, D. Kyriakidis, Th. Choli-Papadopoulou (eds.).
Publicación Berlin [etc.] : Springer, cop. 2000.
Descripc XI, 372 p. : il. ; 24 cm.
Bibliog. Referencias bibliográficas. - Índice.
ISBN/ISSN 3540658912
-TITULO: Evolutionary genomics : statistical and computational methods.
Edited by Maria Anisimova.
PUBLICAC: New York : Humana, c2012.
-TITULO: Functional genomics in aquaculture .
Edited by Marco Saroglia and Zhanjiang (John) Liu.
PUBLICAC: Ames, Iowa : Wiley-Blackwell : World Aquaculture Society, 2012.
-AUTOR: Straalen, N. M. van. y Roelofs, Dick.
TITULO: An introduction to ecological genomics / Nico M. van Straalen and Dick Roelofs.
PUBLICAC: Oxford : Oxford University Press, 2012.
-TITULO: Genomics applications for the developing world / edited by Karen E. Nelson, Barbara Jones-Nelson.
PUBLICAC: New York : Springer, 2011.
-TITULO: Introduction to marine genomics / J. Mark Cock ... [et al.], editors.
PUBLICAC: Dordrecht ; New York : Springer, c2010.
-TITULO: Conservation genetics in the age of genomics / edited by George Amato ... [et al.]
PUBLICAC: New York : Columbia University Press, 2009.
-AUTOR: Stewart, C. Neal.
TITULO: Weedy and invasive plant genomics / edited by C. Neal Stewart Jr.
PUBLICAC: Ames : Wiley-Blackwell, 2009.
-TITULO: Nutrition and genomics: issues of ethics, law, regulation and communication / edited by David Castle, Nola M. Ries.
PUBLICAC: Amsterdam ; London : Academic, c2009.
-TITULO: Environmental genomics / edited by C. Cristofre Martin.
PUBLICAC: Totowa : Humana Press, 2008.
-TITULO: Genome mapping and genomics in fishes and acquatic animals / Thomas D. Kocher, Chittaranjan Kole (editors)
PUBLICAC: Berlin : Springer, 2008.
-TITULO: Genomics and public health: legal and socio-ethical perspectives / edited by Bartha Maria Knoppers.
PUBLICAC: Leiden ; Boston : Martinus Nijhoff, c2007.
-AUTOR: Straalen, N. M. van.
TITULO: An introduction to ecological genomics / Nico M. van Straalen and Dick Roelofs.
PUBLICAC: Oxford ; New York : Oxford University Press, 2006.
-AUTOR: Primrose, S. B.
TITULO: Principles of gene manipulation and genomics / S.B. Primrose and R.M. Twyman.
PUBLICAC: Malden, MA ; Oxford : Blackwell Pub., 2006.
-TITULO: Nutritional genomics: impact on health and disease / edited by Regina Brigelius-Flohé, Hans-Georg Joost.
PUBLICAC: Weinheim : Wiley-VCH, 2006.
-AUTOR: Smith, Gina.
TITULO: The genomics age: how DNA technology is transforming the way we live and who we are / Gina Smith.
PUBLICAC: New York, NY : AMACOM--American Management Association, c2005.
-TITULO: Genes and genomics / edited by Dilip K. Arora [and] Randy M. Berka.
PUBLICAC: San Diego : Elsevier, c2005.
Bibliografía Ampliación
Titulo: Mass spectrometry for microbial proteomics / edited by Haroun N. Shah and Saheer E. Gharbia
Publicación West Sussex : John Wiley & Sons, 2010
Descripc XXIV, 509 p. ; 26 cm
ISBN/ISSN 978-0-470-68199-2
El presente documento es propiedad de la Universidad de Cádiz y forma parte de su Sistema de Gestión de Calidad Docente. En aplicación de la Ley 3/2007, de 22 de marzo, para la igualdad efectiva de mujeres y hombres, así como la Ley 12/2007, de 26 de noviembre, para la promoción de la igualdad de género en Andalucía, toda alusión a personas o colectivos incluida en este documento estará haciendo referencia al género gramatical neutro, incluyendo por lo tanto la posibilidad de referirse tanto a mujeres como a hombres.
