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Fichas de asignaturas 2016-17


ANÁLISIS BIÓMICO

Asignaturas
 

  Código Nombre    
Asignatura 40211030 ANÁLISIS BIÓMICO Créditos Teóricos 3.75
Título 40211 GRADO EN BIOTECNOLOGÍA Créditos Prácticos 3.75
Curso   4 Tipo Obligatoria
Créd. ECTS   6.00    
Departamento C125 BIOQ. Y BIO. MOLEC., MICROB., M PREVEN.    
Departamento C125 BIOQ. Y BIO. MOLEC., MICROB., M PREVEN.    
Departamento C125 BIOQ. Y BIO. MOLEC., MICROB., M PREVEN.    

 

Recomendaciones

Haber superado las asignaturas de Microbiología, Bioquímica, Virología,
Inmunología, Genética.

 

Profesorado

Nombre Apellido 1 Apellido 2 C.C.E. Coordinador  
ISMAEL CROSS PACHECO PROFESOR CONTRATADO DOCTOR N
Ana Belén Díaz Sánchez Profesor Sustituto Interno N
MARÍA DEL CARMEN DURÁN RUIZ PROFESORA AYUDANTE DOCTOR S
CARLOS GARRIDO CRESPO PROFESOR AYUDANTE DOCTOR N
Sokratis Papaspyrou , Profesor Sustituto Interno N
SILVIA PORTELA BENS INVESTIGADOR-UCA N
LAUREANA REBORDINOS GONZALEZ CATEDRATICA UNIVERSIDAD N

 

Competencias

Se relacionan aquí las competencias de la materia/módulo o título al que pertenece la asignatura, entre las que el profesorado podrá indicar las relacionadas con la asignatura.

Identificador Competencia Tipo
CB3 Que los estudiantes tengan la capacidad de reunir e interpretar datos relevantes (normalmente dentro de su área de estudio) para emitir juicios que incluyan una reflexión sobre temas relevantes de índole social, científica o ética GENERAL
CB4 Que los estudiantes puedan transmitir información, ideas, problemas y soluciones a un público tanto especializado como no especializado GENERAL
CE14 Obtener e interpretar información de las principales bases de datos biológicos, ómicos, bibliográficos y emplear las herramientas bioinformáticas básicas. ESPECÍFICA
CG7 Capacidad de utilización de las tecnologías de la información y la comunicación GENERAL

 

Resultados Aprendizaje

Identificador Resultado
R1 Conocer y distinguir los diferentes tipos de disciplinas biómicas.
R2 Entender las principales estrategias de investigación en las diferentes disciplinas biómicas
R3 Utilizar las bases de datos biológicos y las principales herramientas básicas de bioinformática.

 

Actividades formativas

Actividad Detalle Horas Grupo Competencias a desarrollar
01. Teoría
Charlas formativas en el aula
30 CB3 CB4 CE14 CG7
04. Prácticas de laboratorio
Desarrollo de procedimientos experimentales en el
laboratorio
30 CB3 CB4 CE14 CG7
10. Actividades formativas no presenciales
90 CB3 CB4 CE14 CG7

 

Evaluación

Criterios Generales de Evaluación

El alumno debe superar la prueba teórica, que consistirá en Tipo test, preguntas
cortas y/o de desarrollo y/o problemas.
Las Prácticas y actividades de valorarán mediante la entrega de memoria, trabajos
y/o actividades.
Las prácticas son de asistencia obligatoria.

 

Procedimiento de Evaluación

Tarea/Actividades Medios, Técnicas e Instrumentos Evaluador/es Competencias a evaluar
Evaluación de actividades Discusión abierta de temas de interés, corrección de trabajos desarrollados por el alumno.
  • Profesor/a
CB3 CB4 CE14 CG7
Examen de Practicas Examen escrito / entrega de actividades y cuestionarios
  • Profesor/a
CB3 CB4 CE14 CG7
Examen teorico Examen escrito
  • Profesor/a
CB3 CB4 CE14 CG7

 

Procedimiento de calificación

La calificación final obtenida se obtendrá de acuerdo con la siguiente
proporción:
-  Prueba final escrita sobre contenidos teóricos: 65%
-  Prácticas y actividades: 35%

La asignatura consta de tres bloques de contenidos, para cada uno de los cuales
es necesario aprobar el examen teórico final con un 4.5 para poder sumar las
notas de teoría y prácticas/actividades.

En caso de no tener aprobada la parte teórica, la calificación obtenida durante
la convocatoria de febrero en las prácticas  y otras actividades académicas, se
conservará en las convocatorias extraordinarias de junio y septiembre.

Se valoraran actividades academicamente dirigidas, tales como:
- Lecturas obligadas de las que deben entregar un resumen
- Trabajo bibliográfico de investigación

 

Descripcion de los Contenidos

Contenido Competencias relacionadas Resultados de aprendizaje relacionados
            Bloque 1. Genómica:

- Contenidos teóricos
Tema 1.- Introducción y orígenes de la Genómica
Tema 2.- Tipos de genómicas: Genómica estructural y Genómica funcional
Tema 3.- Tecnologías en Genómica: Fundamentos Técnicos de la Genómica, Métodos de secuenciación, Chips de DNA y
Microarrays.
Tema 4.- Herramientas informáticas y de computación en Genómica: Análisis bioinformático
de las secuencias. Ensamblaje de novo. Ensamblaje sobre genomas de referencia. Anotación. Variantes genómicas.
Creación de bases de datos.
Tema 5.- Aplicaciones de la genómica. Genómica y Teorías Evolutivas. Genómica comparada.
Metagenómica. Estructura de los Genomas. Genómica y Medicina. Genómica y Agricultura.

- Contenidos prácticos
Secuenciación de ADN. Mapeo de genes. Manejo y extracción de clones BACs, anotación y mapeo de genes a partir de
clones seleccionados de una genoteca BAC. Bioinformática

        
CB3 CB4 CE14 CG7 R1 R2 R3
            Bloque 2. Transcriptómica y Proteómica:

Tema 1. Otras ómicas. Exómica, interactómica, definición y concepto.
Tema 2. Transcriptómica. Definición y concepto. Técnicas de análisis del transcriptoma. Plataformas. Usos y
aplicaciones.
Tema 3: Proteómica. Introducción
Tema 4: Aplicaciones proteómicas y perspectivas de futuro
Tema 5: Estrategias para la extracción de proteínas en análisis proteómicos
Tema 6: Estrategias para la separación de proteínas en análisis proteómicos

- Contenidos Prácticos:
Diseño experimental. Preparación de muestras y extracción de proteínas  de muestras biológicas.
Tratamiento y separación de proteínas en 1D y 2D SDS-PAGE electroforesis. Análisis y digestión de spots

        
CB3 CB4 CE14 CG7 R1 R2 R3
            Bloque 3. Estrategias de análisis de datos y otras -omicas

- Contenidos teóricos:
Tema 1: Estrategias para la identificación de proteínas en análisis proteómicos. Principios de espectrometría de
masas. Espectrometría de masas en tándem.
Tema 2: Análisis de modificaciones post-traduccionales por EM.
Tema 3: Estrategias para la cuantificación de proteínas en análisis proteómicos
Tema 4: Glicómica. Importancia del análisis de glicanos. Análisis de glicanos por EM y cromatografía líquida
Tema 5. Introducción a la metabolómica. Herramientas de análisis. Importancia en biomedicina, medio ambiente e
industria.
Tema 6. Programas bioinformáticos para el análisis e integración de datos -ómicos.


- Contenidos prácticos:
Digestión de proteínas en gel para su posterior identificación por espectrometría de masas. Análisis
bioinformático de datos proteómicos.

        
CB3 CB4 CE14 CG7 R1 R2 R3

 

Bibliografía

Bibliografía Básica

PROTEOMICS:

Twyman, Richard M. (2004) Principles of proteomics. Taylor & Francis, 241 p.

Mishra, Nawin (2010) Introduction to proteomics : principles and applications . John Wiley & Sons, 180 p.

Lovric, Josip (2011) Introducing proteomics : from concepts to sample separation, mass spectrometry and data analysis. John Wiley & Sons, 283 p.

Reiner Westermeier, Tom Naven, and Hans-Rudolf Hupker (2008) Proteomics in Practice: A Guide to Successful Experimental Design. Wiley-VCH Verlag-GmbH & Co.

 

GENOMICS:

Mike Starkey, Ramnath   Elaswarapu (2011) Genomics : essential methods. Wiley-Blackwell.

Rudy Guerra, Darlene R. Goldstein (2010)
Meta-analysis and combining information in genetics and genomics. CRC Press, c2010.

Pevsner, Jonathan (2009) Bioinformatics and functional genomics. John Wiley & Sons, 2009.

Gupta, P. K. (2009) Biotechnology and genomics.  Rastogi Publications.

Chittaranjan Kole, Albert G. Abbott. (2008) Principles and practices of plant genomics. Science Publishers.Mushegian, Arcady R. (2007) Foundations of comparative genomics. Academic Press.

Keith R. Mitchelson (207) New high throughput technologies for DNA sequencing and genomics. Elsevier.

David B. Allison ... [et al.] (2006)
DNA microarrays and related genomics techniques: designs, analysis, and interpretation of experiments. Chapman & Hall/CRC.

Dario Leister (2005) Plant functional genomics. Haworth Press.

Terence A Brown (2002) Genomes, 2nd edition. Wiley-Liss.

 


TRANSCRIPTOMICS, METABOLOMICS, GLYCOMICS

Virendra Gomase (2009) Transcriptomics: Expression Pattern Analysis. VDM Verlag.

Varki A, Cummings RD, Esko JD, et al., editors. (2009) Glycomics: essentials of glycobiology. Cold Spring Harbor Laboratory Press.

Lammerhofer M and W Weckwerth (2013) Metabolomics in Practice: Successful Strategies to Generate and Analyze Metabolic Data. Wiley-VCH Verlag & Co.

M P. H. Stumpf,  DJ. Balding and MGirolami (2011) Handbook of Statistical Systems Biology. John Wiley & Sons, Ltd.

Jurgen H.Groos. (2011) Mass spectrometry: A text book.  Springer.

Mike S.Lee. () Mass spectrometry handbook. Wiley series.

 

Bibliografía Específica

-TITULO: Proteome and protein analysis / R.M. Kamp, D. Kyriakidis, Th. Choli-Papadopoulou (eds.).

Publicación Berlin [etc.] : Springer, cop. 2000. XI, 372 p. : il. ; 24 cm.

 

-TITULO: Evolutionary genomics : statistical and computational methods./Edited by Maria Anisimova.

PUBLICAC:  New York  : Humana, c2012.

 

-TITULO: Functional genomics in aquaculture ./Edited by Marco Saroglia and Zhanjiang (John) Liu.

PUBLICAC:  Ames, Iowa : Wiley-Blackwell : World Aquaculture Society, 2012.

 

TITULO: An introduction to ecological genomics / Nico M. van Straalen and Dick Roelofs.

PUBLICAC:  Oxford : Oxford University Press, 2012.

 

-TITULO: Genomics applications for the developing world / edited by Karen E. Nelson, Barbara Jones-Nelson.

PUBLICAC:  New York : Springer, 2011.

 

-TITULO: Introduction to marine genomics / J. Mark Cock ... [et al.], editors.

PUBLICAC:  Dordrecht ; New York : Springer, c2010.

 

-TITULO: Conservation genetics in the age of genomics / edited by George Amato ... [et al.]

PUBLICAC:  New York : Columbia University Press, 2009.

 

TITULO: Weedy and invasive plant genomics / edited by C. Neal Stewart Jr.

PUBLICAC:  Ames : Wiley-Blackwell, 2009.

 

-TITULO: Nutrition and genomics: issues of ethics, law, regulation and communication / edited by David Castle, Nola M. Ries.

PUBLICAC:  Amsterdam ; London : Academic, c2009.

 

-TITULO: Environmental genomics / edited by C. Cristofre Martin.

PUBLICAC:  Totowa : Humana Press, 2008.

 

-TITULO: Genome mapping and genomics in fishes and acquatic animals / Thomas D. Kocher, Chittaranjan Kole (editors)

PUBLICAC:  Berlin : Springer, 2008.

 

-TITULO: Genomics and public health: legal and socio-ethical perspectives / edited by Bartha Maria Knoppers.

PUBLICAC:  Leiden ; Boston : Martinus Nijhoff, c2007.

 

TITULO: An introduction to ecological genomics / Nico M. van Straalen and Dick Roelofs.

PUBLICAC:  Oxford ; New York : Oxford University Press, 2006.

 

TITULO: Principles of gene manipulation and genomics / S.B. Primrose and R.M. Twyman.

PUBLICAC:  Malden, MA ; Oxford : Blackwell Pub., 2006.

 

-TITULO: Nutritional genomics: impact on health and disease / edited by Regina Brigelius-Flohé, Hans-Georg Joost.

PUBLICAC:  Weinheim : Wiley-VCH, 2006.

 

TITULO: The genomics age: how DNA technology is transforming the way we live and who we are / Gina Smith.

PUBLICAC:  New York, NY : AMACOM--American Management Association, c2005.

 

-TITULO: Genes and genomics  / edited by Dilip K. Arora [and] Randy M. Berka.

PUBLICAC:  San Diego : Elsevier, c2005.

 

Bibliografía Ampliación

Titulo: Mass spectrometry for microbial proteomics / edited by Haroun N. Shah and Saheer E. Gharbia

Publicación West Sussex : John Wiley & Sons, 2010

Descripc XXIV, 509 p. ; 26 cm

ISBN/ISSN 978-0-470-68199-2

 

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